לאחר שנפטרה עליו אשתו של הרב המקובל הרב מרדכי שרעבי זצ"ל, הסתגר הרב שרעבי בחדרו ולא רצה לראות פני איש. כמובן שגם סעודת הבראה לא אכל, ולא רצה לאכול אף שהיה חלוש ועייף ביותר. מייד כשנודע הדבר לרב אליהו זצ"ל הוא שם פעמיו לביתו של המקובל, הביא לו סעודת הבראה ופתח עמו בדברים, ולאט לאט הקל מכאבו והוא החל לקבל אנשים שבאו אליו לנחמו.
לאזכרת ה"שבעה" שחלה בשבת ביקש הרב שרעבי להזמין את הרב אליהו, שיבוא לדבר דברי תורה לקהל הגדול שהיה עתיד להתאסף שם בשבת. אמר לו הרב כי הימים ימי גשם סוערים במיוחד, והדרך מביתו לבית המדרש של הרב שרעבי ארוכה, ואי-אפשר ללכת אותה בגשם כל כך סוחף. אמר לו הרב שרעבי: אל תחשוש. אתה יכול לבוא.
ואכן, באותה שבת ירדו גשמי זלעפות. אבל מאותה שעה שהרב יצא מביתו בקריית-משה לבית הרב שרעבי במחנה-יהודה, לא ירדו גשמים כלל, עד לרגע שבו הרב אליהו נכנס לבית המדרש של הרב שרעבי. באותה שעה נפתחו ארובות השמים, והגשמים נמשכו עד לרגע שבו יצא הרב אליהו לביתו. באותה שעה שוב נסגרו ארובות השמים עד שהרב אליהו הגיע לביתו.
בהספד אמר הרב אליהו בשם האר"י הקדוש, כי יעקב אבינו אמר: "קטנתי מכל החסדים ומכל האמת" (ל"ב, י"א). חכמינו מסבירים שחשש יעקב שמא ביטל לימוד תורה ומצוות יישוב בארץ ישראל. ומקשים על זה מדברי האר"י הקדוש, שאמר כי בשעה שאדם נמצא בצרה, אסור להזכיר לו את מעשיו הרעים שעשה. שמא יעמדו המקטרגים ויטענו שהודאת בעל דין כמאה עדים דמי, ויקטרגו עליו ויגרמו לדונו לכף חופה. אם כן, איך יעקב אומר בשעת צרה זו שהוא חוטא?
והשיב הרב, כי יעקב לא הזכיר את חטאיו, אלא חשש שמא הוא חילק את זכויותיו לבניו ובני ביתו ואין לו יותר זכויות. כמו אדם שיש לו שק מלא מטבעות וחילק לאחרים, שאין לו כעת כלום. על זה אמר "קטונתי" שנתקטן השק של הזכויות שלי.
סיפר הרב: ראיתי שהרב שרעבי לא נחה דעתו. שאלתי מה הדבר ואמר לי: אין דבר כזה בדברי האר"י. שאלתי אותו האם כבודו לומד בספרי האר"י בדפוס פלוני. ואמר לי: כן. אמרתי לו שבדפוס ההוא באמת זה לא מופיע, אבל בספרים ישנים של האר"י מופיע הפירוש הזה.
מייד הביאו ספרי האר"י בדפוסים ישנים ומצאו כדברי הרב, ונחה דעתו של הרב מרדכי שרעבי, שהיה מאוד מדייק בדברי רבנו האר"י.
