בענין המעשיות של הרב יש סיפור מעניין שקשור לבבא סאלי זיע"א. פעם אחת בא אהרון אבוחצירא, כאשר היה שר בממשלה, ורעיון היה בידו להעלות את קברו של האביר יעקב אבוחצירא זצ"ל ממצרים לארץ ישראל, ובא לבבא סאלי זצ"ל לשואלו על רעיונו. שלחו הבבא סאלי שילך להתייעץ עם חכם מרדכי.
כשבא השר אל הרב זצ"ל אמר לו הרב: קודם כל, המצרים מרוויחים כסף מזה שהוא שם, באים לשם להתפלל מכל העולם, ולכן הם לא יסכימו להפסיד את רווחיהם מהעניין. נוסף לזה, האביר יעקב נקבר שם בכוונה כדי להגן על עם ישראל, המשיך הרב. כי כידוע ששם נעצרו במלחמת העולם צבאות הארורים ימ"ש, לכן צריך להיות דווקא שם עד שיבוא משיח צדקנו.
חזר השר אל הבבא סאלי ואמר לו את תשובתו של הרב.
השיב הבבא סאלי ואמר: גם אני חושב כך.
אם כך, מדוע שלחת אותי? שאלו השר.
ענה לו הבבא סאלי: רציתי לראות שהראש שלי והראש של חכם מרדכי שווים.
