עם הקמתה של המועצה הדתית במועצה האזורית לכיש, התמנה מו"ר זקני הרב שבתאי בן-חיים על-ידי הרבנות הראשית לישראל לכהן גם כרבהּ של המועצה האזורית לכיש. לרב מועצה נבחר גם הרב יעקב אלקבץ, רבו של מושב אחוזם, יחד עם הרב שבתאי.
כרב מושב וכרב אזורי השתתף הרב שבתאי ב"בית הוועד" ביישוב אבן-שמואל. "בית הוועד" היה מקום שבו התכנסו בכל יום שלישי רבנים ושוחטים מכל האזור (לכיש, שפיר, קריית-גת ואשקלון). הרבנים היו לומדים רמב"ם, טור ושולחן-ערוך לפי הסדר, ולאחר מכן עוברים לענייני פרשת שבוע ונושאים שונים בתורה.
"בית ועד" זה הוקם על-ידי הרב בנימין אביעד זצ"ל, רבה של המועצה האזורית שפיר, בהנחיית הרב מרדכי אליהו זצ"ל בזמן היותו דיין בבאר-שבע, והוא גם ליווה את בית הוועד הזה שנים רבות. במקום התכנסו רבנים ידועי שם, ביניהם הרב חיים דוד הלוי זצ"ל, שהיה רבה של ראשון-לציון ולאחר מכן הרב של תל-אביב ויפו, וכן הרב יוסף שרביט, שהיה רבה של אשקלון, ואחרים.
לאחר שהתמנה הרב מרדכי אליהו כרב ראשי לישראל הוא לא עזב את מנהגו זה והיה מגיע מדי פעם ל"בית הוועד" ללמוד אתם תורה.
באותו זמן אנשים מסוימים במושב עשו לרב שבתאי בעיות ודרשו ממנו לשלם כסף על המים כמו כולם, למרות שהנוהג ביישובים היה שרב המושב אינו משלם בגלל המשכורת הדלה שלו (עיין שו"ת מאמר מרדכי חלק ב' חושן משפט סימן י"ג). אותם אנשים ניסו בכל זאת לעורר ויכוח בנושא והחלו ויכוחים במושב. זה לא היה נעים לרב שבתאי, כי התשלום היה על תקופה ארוכה, והיה מדובר בסכום גדול שלא היה סיפק בידו לשלמו. מצד שני, אם הוא לא משלם יש בזה צד של חילול השם. לא ידע סבי הרב שבתאי מה לעשות.
באותו זמן הוציאו אנשי לשכתו של הרב אליהו סידור סליחות לחודש אלול עם הלכות לפי מרן הרב אליהו. הרב אליהו הגיע ל"בית הוועד" וחילק את סידורי הסליחות לרבנים שנכחו שם. הרב שבתאי פתח את סידור הסליחות שקיבל על-מנת לעיין בו, והנה הוא רואה כי יש בו בתוכו מעטפה. הרב פתח את המעטפה וראה שם סכום מסוים של כסף.
הלך הרב לרב אליהו על-מנת להחזיר לו את הכסף, כי סבר לתומו שהמעטפה נשכחה בטעות בתוך סידור הסליחות, ואולם הרב אליהו אמר לו ברוח קודשו: "אני שמתי את הכסף הזה בשבילך, קח אותו, אני יודע מה עושים לך עכשיו אנשי המושב בקשר לתשלום המים. זה שלך".
הרב שבתאי התפלא על כך מאוד, והודה לרב אליהו. עד היום כשהוא יושב ומספר את הסיפור הזה הוא אינו מבין מאיפה הרב ידע על כך, ולבסוף הוא מסכם ואומר: "אין זה כי אם רוח הקודש של הרב".
(שלו שבתאי, ישיבת המאירי, ירושלים)
