זמן קצר לאחר שהתבשר הרב זעפרני על בחירתו לתפקיד ראש לשכתו של מרן הראשון לציון מו"ר הרב מרדכי אליהו זצ"ל, מצא עצמו מתלווה לרב בטיסה לצרפת לאירוע השנתי 'יום שכולו תורה', שהתקיים במסגרת הסלון האווירי בלה-בורז'ה. וכך הוא מספר:
ישבתי ליד הרב אליהו במטוס והוצאתי מסכת בבא בתרא. הרב הוציא את מסכת בכורות ושנינו התחלנו ללמוד. בזווית העין אני קולט שהוא מסיים את הדפים במהירות, תוך שהוא לומד לא רק את הגמרא אלא גם את פירושי רש"י ותוספות. אחרי כשעתיים הוא כבר היה בדף כ"ח, ואני עדיין בדף הראשון, נרגש כולי מהטיסה. לפתע הרב עצר ואמר לי: 'יש לי קושיה, אבל מכיוון שאנחנו לא לומדים את אותה מסכת, תן לי לפרוש בפניך את הסוגיה'. הוא העלה את קושייתו, ואני ניסיתי לתת לו תירוצים, אבל הרב דחה אותם. בסוף שאלתי: 'אז מה באמת התשובה?' והוא אמר בחיוך: 'לא סתם שאלתי אותך. אין לי תשובה'.
עד תום הטיסה, שנמשכה פחות מחמש שעות, הרב הספיק לסיים חמישים דפי גמרא. נחתנו בצרפת והוא החל בסדרת שיעורים והרצאות שנמשכה עד חצות הלילה, ללא כל הפסקה לאכילה או מנוחה. בחצות הגענו מותשים למלון ונשאר לנו מעט מאד זמן לישון, כי הרב היה צריך לקום בשלוש וחצי לפנות בוקר כדי להתארגן לתפילה עם הנץ החמה, כפי שהקפיד בכל יום ובכל מקום.
בשעה שתים עשרה וחצי בלילה קיבלתי טלפון מהלובי: הגיע יהודי שרוצה להיפגש עם הרב. חשבתי שבשעה כה מאוחרת זה לא שייך, אבל התברר לי שזה לא סתם יהודי. באותה תקופה רצו להרוס חלקת קברים יהודיים במצרים כדי לסלול כביש מהיר. הרב אליהו שכנע את המצרים לבנות גשר מעל הקברים, והיהודי הזה תרם כסף לבניית הגשר. כשהרב אליהו שמע שאותו אדם בקש להיפגש איתו, הוא הסכים מיד.
אותו יהודי ביקש לתת לרב סכום אגדי ואני כבר התחלתי לחלק את הכסף בראש. אמרתי לעצמי שעשרה אחוזים בטח יוכלו להגיע לישיבה בה לימדתי. כשהגשתי לרב את הצ'ק, הוא אמר לי מבלי להתבלבל לרגע: 'חס ושלום! תחזיר לו את זה מיד'. לא הבנתי את הסירוב וגם טענתי שהיהודי עלול להיפגע. אמרתי לרב: 'הרי הכסף הוא לא בשבילך, הוא בשביל הישיבות, אז מדוע יש פה בעיה?'. הרב ענה לי: 'בני, עוד ירדפו אחריך הרבה אנשים עם הרבה כספים. אנחנו לא נוגעים בכסף. במקום שיש כסף יש לכלוך. מי שרוצה לתרום כסף לישיבות, שיעביר אותם אליהן באופן ישיר'.
לאחר אותה פגישה, נותרו לרב כשעתיים בלבד לישון. בשעה שלוש וחצי הגעתי לחדרו ומצאתי את המיטה מוצעת כפי שהייתה בערב, ואת הרב רכון על גבי ספר ושקוע בלימודו. מיד לאחר התפילה החל יום נוסף של לימודים והרצאות, ובסופו חזרנו ארצה. הרב נאסף על ידי מונית לירושלים, ואני, שעדיין התגוררתי בחדרה, המתנתי לאוטובוס שייקח אותי לביתי. לאחר כרבע שעה פתאום חוזר הרכב של הרב ונעצר לידי. הרב קורא לי להיכנס ואומר לי בחיוך: "זוכר את הקושיה שדיברנו עליה אתמול בטיסה? עכשיו מצאתי את פתרונה".
ביממה הזאת הכרתי לראשונה את ההשקעה של הרב בלימוד, את הענווה ואת התנאים הבלתי נתפסים שבהם הוא חי, כמעט ללא אכילה ושינה.
(הרב שמואל זעפרני, ראש לשכת הרב)