זהו אחד הסיפורים המופלאים ביותר שאפשר לספר על מו"ר הרב אליהו זצ"ל. המקרה הזה קרה בתקופת ההקפאה של יצחק רבין, שאסר לבנות ביהודה ושומרון שום מבנה ציבור. והיה ישוב צעיר שעוד לא נבנה בו מקווה. ראש המועצה הדתית במקום פנה אל הרב אליהו, ואמר לו: אנו מוכרחים מקווה בישוב ויש הקפאה ואיסור על בנייה, מה נעשה?
ענה לו הרב: "בישוב זה לא צריכים עכשיו מקווה". לתמיהת ראש המועצה הדתית, הסביר הרב כי כל הנשים עכשיו בהריון או שיהיו בקרוב. בינתיים, הוסיף הרב, תפנה לקצין הבכיר במקום ותסביר לו את הבעיה ויהיה לך פתרון.
ראש המועצה הדתית פנה לרב הישוב ואמר לו: דע לך שהרב אליהו אמר שכל הנשים בישוב הן כעת בהריון או שיהיו בהריון בקרוב, כך שאין דחיפות למקווה כעת. ובעניין הבנייה אמר לי ללכת למפקד הצבאי האחראי על איסור הבנייה במקום ולהסביר לו.
רב הישוב התפלא על התשובה של הרב אליהו, אבל אמר לאשתו לבדוק בעדינות אם אכן המצב של כל הנשים בישוב הוא כזה. היא חזרה אליו מופתעת, ואמרה לו: אכן, כל הנשים בישוב בהריון, לא צריכות מקווה.
בינתיים הלך ראש המועצה הדתית למפקד הצבאי באזור והסביר לו את חשיבות העניין, וגם סיפר לו את מה שאמר הרב אליהו ומה שקרה. אמר לו הקצין: תבנו במהירות את המקווה. בתקופה הזאת אני לא אבדוק מה קורה אצלכם בישוב, וכשתגמור לצקת את הגג, תודיע לי ואני אבוא לצעוק עליכם, ובזה נגמור את הענין.
אחרי שיצקו את הגג – הודיע ראש המועצה הדתית לקצין שנגמרה הבנייה של המקווה. הוא בא באותו יום עם שיירה של ג'יפים וראה את המקווה בנוי. מיד הוא עשה במקום הצגה של צעקות וטלפונים ויצא מדעתו מרוב כעס. אבל אחר כך הוא אמר: כבר גמרתם ואין ברירה, לא אהרוס לכם את המקווה.
אחרי שנבנה המקווה בא ראש המועצה הדתית לרב אליהו, ואמר לו: דרכו של הריון שהוא נגמר אחרי תשעה חודשים בלידה, עוד מעט צריכים מקווה. עכשיו חודש אלול ומה יהיה על המים, האם נמלא את המקווה באמצעות קרח? אמר לו הרב אליהו: חכה כמה ימים.
בכ"ה אלול הרב אליהו היה בערב שנעשה לכבוד ישיבת ההסדר בצפת. הוא היה באותו יום בכמה מקומות בצפון ודיבר בהם על תשובה והתחזקות, ולא הספיק להתפלל ערבית עד אחרי הארוע בצפת. כשסיים הרב אליהו לדבר בצפת לפני כל הקהל, הלך להתפלל ערבית בציון של הרשב"י. אחרי התפילה הוא אמר למשמשו, הרב זעפרני: תתקשר עכשיו לנתן נתנזון ותאמר לו שלא ימלאו את המקווה במי קרח כי זה לא הכי מהודר. עד סוכות המקווה שלהם יהיה מלא במים על כל גדותיו.
אמר לו נתן נתנזון כי האיזור הוא לא איזור של גשמים והתקופה היא גם כן לא תקופה של גשמים ומקווה צריך כמה וכמה ימי גשמים בכדי להתמלא. אמר לו הרב: אף על פי כן, עוד לפני ראש השנה יתחילו הגשמים ועד סוכות המקווה יתמלא.
בערב ראש השנה נפתחו ארובות השמים וגשם עז ניתך באותו אזור. ועד סוכות המקוואות והאוצרות של המקוואות נתמלאו כולם, והמקווה היה פתוח לנשים היולדות.
(הרב מרדכי נגארי, רב העיר מעלה אדומים)