כך היה גם בפטירתו של הבבא סאלי עליו השלום. הבבא סאלי נפטר בשעה שמונה בבוקר. באותו יום בשעה שבע יצא מורנו הרב זצ"ל מביתו בירושלים והגיע לנתיבות מיד עם יציאת נשמתו של הבבא סאלי. כולם היו באותה שעה משותקים בעקבות הפטירה של הבבא סאלי, והרב אליהו הוציא את התכריכים שהיו מוכנים אצלו במכונית ומיד ניגש לטפל בטהרה של אותו צדיק, שעשאה במו ידיו, והכין את כל הדרוש לקבורה.
לשאלה כיצד ידע את רגע הפטירה להגיע בדיוק באותה שעה, לא ענה הרב. אבל אחרי שנים סיפרה הרבנית שליט"א כי הבבא סאלי הודיע לרב אליהו שלושה חודשים קודם פטירתו כי יש גזירה על עם ישראל והוא מוסר את נפשו למען הסר הגזירה מישראל. באותו מעמד הודיע הבבא סאלי לרב אליהו על תאריך הפטירה וציווהו על סדר הטהרה הנכון. עוד מסר לו באותו מעמד כמה וכמה סודות חשובים שאיננו יודעים מהם. וכך ידע הרב את יום הפטירה של אותו צדיק.
