לימוד התורה של הרב זצ"ל היה לשם דבר והיה לו כוח פסיקה עצום. כבר בצעירותו כשלמד בישיבת "פורת יוסף" התפרסם כפוסק. כתלמידים, תמיד שאלנו וביררנו, מה חכם מרדכי פסק בעניין זה או אחר. הוא היה עומד מול הגאון חכם בן ציון אבא שאול שהיה גאון גדול, ופוסק שונה ממנו, והיו ביניהם יחסי נעימות. ואנחנו הורגלנו בישיבה לשאול – מה חכם בן ציון פסק, ומה חכם מרדכי פוסק. גם בחוברות שיצאו אז בישיבה, היו מורגלים לרשום הלכות ומציינים את שתי הדעות: מה חכם בן ציון פסק, ומה חכם מרדכי פוסק.
בישיבת "פורת יוסף" היה עומד ליד החלון, פותח ספר ולומד בלי הפסקה. הייתה לו תפיסה מהירה מאוד. הוא היה מחנך בבית הספר 'בית אהרון' בשכונת בית ישראל. מיד כשהיה מסיים שם היה מגיע במהירות לבית המדרש ולומד.
בישיבה היו מסיימים ללמוד בערך בחמש אחר הצהריים ואחר כך היו הולכים למקום אחר לסדר ערב. וחכם מרדכי, רק הוא לבדו נשאר בבית המדרש, הולך מהפתח ועד לארון הקדש וחוזר שוב ושוב, ומשנן את תלמודו, כדי לא להפסיד אפילו רגע.
(הרב דוד צדקה, רב העיר פרדס חנה, בן דוד הרב)
